Crows Zero se définit comme un prequel au célèbre manga Crows de Takahashi Hiroshi. L'histoire s'inscrit donc dans un univers déjà existant mais a toutefois été élaborée spécialement pour l'occasion. Takitani, un élève récemment intégré à l'école, tente de prendre le contrôle du lycée de Suzuran. Pour ce faire, il est managé par un certain Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre un rival du nom de Serizawa.
